Afin de disposer d’un mécanisme visant à mettre en place de manière efficace et rapide les activités du PAF2C, il est mis en place un Comité Exécutif.
Le Comité Exécutif est composé ainsi qu’il suit :
Président: Le Président de l’ACFCam ou son représentant.
Membres :  
- Le représentant de la Coopération allemande ;
- Le représentant du FEICOM.
- Le MINFOF
- Le MINATD
- Le MINEP
Rapporteur : Le directeur du CTFC et son co-directeur.

Le Comité Exécutif est l’organe de coordination et décision du Fonds CTFC. A ce titre, il est chargé, en conformité avec les orientations dictées par le Comité de Pilotage :
- de valider le plan de passation des marchés indiquant toutes les activités devant être financées par le Fonds CTFC au cours de l’année fiscale à venir, en précisant les modalités de passation des marchés et le calendrier pour chacune d’entre elles.

Il se réunit 2 fois par an sur convocation de son Président qui en établit l’agenda. Tous les documents de travail doivent parvenir aux participants au moins 15 jours avant la date prévue pour la réunion.
Il  ne peut se réunir que si tous ses membres sont présents.
Les décisions sont adoptées sur la base du consensus. En l’absence de consensus, la question est reportée à la session suivante pour permettre aux parties opposées, de travailler à la recherche d’un compromis.  A défaut du consensus à la prochaine session, une majorité des membres de chaque partie est requise et, le cas échéant, la question est rejetée.
En cas de nécessité, il peut se réunir de manière extraordinaire sur proposition de l’ACFCam ou d’un des bailleurs.
A l’issue de chaque réunion du Comité exécutif, un compte rendu des séances est consigné dans un procès verbal, préparé par le secrétariat et transmis à tous les participants, afin de recueillir leurs commentaires dans un délai d’une semaine après la réunion. Après adoption par tous les participants au cours de la session suivante, une copie de la version finale est transmise par le président du Comité Exécutif.
Un membre du Comité Exécutif peut se faire représenter par une personne dûment désignée par lui.
Le président du Comité Exécutif peut inviter toute personne à participer en qualité d’observateur aux travaux du Comité, en raison de son expertise ou des points inscrits à l’ordre du jour.
Les frais d’organisation des Comités exécutifs sont financés par le Fonds CTFC.
Les membres du Comité exécutif percevront pour leur participation des frais de mission en accord avec la grille du Décret n° 2000/693 du 13/09/2000.