La commune de Kousseri est située dans la Région de l’extrême-nord, Département du Logone et Chari aux environs du 12ème degré de latitude nord et du 15ème degré de longitude. Ses coordonnées GPS sont E : 015. 03236, N : 12.08009 et Z : 317. Kousseri est limité au nord et à l’est par le fleuve Logone, au sud par l’arrondissement de Logone-Birni et à l’ouest par l’arrondissement de Makary. La commune de Kousseri couvre une superficie de 160 km².

La commune est dominée par une savane claire, arbustive et épineuse. Les espèces dominantes sont les acacias (nelotica senegalensis sigal et seyol), quelques borabus et les arbustes rabougris.